第三天一早，泰昌帝就派人催仙药，并发下圣谕，如果内阁阻拦进药，就以抗旨欺君论处。他才无可奈何地将李可灼召到内阁，再三叮问，李可灼力保仙丹有神效，方从哲这才拉上韩火广一同陪李可灼进宫。
李可灼看泰昌帝服罢药，跪请他上床休息，泰昌帝却不在乎地摆了摆手说：‘用不着，朕今天精神很好，李爱卿献药有功，来日定当封赏。’
本来已经康复了的泰昌帝，服了一粒并非御医进呈的红丸，在夜里猝然死去。方从哲已预料到明早就会有无数指劾他的奏本飞进来，弄不好很可能被扣上一顶弑君的帽子。按明朝旧例，皇帝驾崩，遗诏需由内阁首辅代拟。方从哲想来想去，觉得只有利用拟遗诏的机会，申明服用红丸是皇帝自己的意见，把责任一股脑推到大行皇帝身上才算上策。
果不出方从哲所料，泰昌帝的暴卒引起了整个朝廷的注意，要追查皇帝死因的奏折两天之内就达数百件。其中有的奏本已经公开指出，给泰昌帝服泻药的内侍崔文升，最初曾在郑贵妃属下任职，后来才由郑贵妃转荐给泰昌帝。崔文升竟敢用泻药摧残先皇，其背后必有人指使。
于是方从哲迫不及待地征得了阁臣同意，颁布了由他亲笔起草的遗诏。遗诏中以大行皇帝的口吻夸奖李可灼，并诏赐银币。遗诏一下，群情鼎沸，朝臣们都知道遗诏出自首辅之手，无形中更把方从哲与红丸案紧密联系在一起了。
十月中旬，追查红丸案的呼声达到最**，礼部尚书孙慎行和左都御史邹元标上了两道令人瞩目的奏疏，孙慎行指出：‘从哲纵无弑君之心，却有弑君之罪。欲辞弑之名，难免弑之实。’
方从哲思来想去，他写了一道很长的奏本，一面仔细为自己辩解，一面十分诚恳地提出了退隐的要求。方从哲奏本递上去不到十天，天启皇帝的批准谕旨就下来了。十一月初，这位执政八年的老臣，离开了京城。
泰昌帝的猝逝，使得御史郑宗周、南京太常寺少卿曹珍等指此一事件与多年前的‘梃击案’出于同一奸谋，即有人必置光宗其人于死地；刑部主事王之采更直指光宗之死与郑氏、光宗宠妃李氏等阴谋夺权有关。
泰昌帝继位一个月即驾崩，加之朝廷内党派纷争激烈，使得关于此案的议论甚嚣尘上，并且多少带着东林党借机伐异的意味。这些议论围绕着泰昌帝的死因展开，方从哲、李可灼、崔文升等皆成为众矢之的。
吏部尚书张问达、户部尚书汪应蛟、礼部尚书孙慎行、左都御史邹元标，以及众多言官纷纷弹劾崔、李二人用药、进药错误之罪。
由于泰昌帝是服下红丸后死的，而首辅方从哲却在泰昌帝死去的当天，拟遗旨赏了进献红丸的李可灼，引起了一些人的怀疑，御史王安弹劾方从哲‘轻荐狂医’，‘又赏之以自掩’。御史郭如楚弹劾方从哲不应该赏赐进药的李可灼。方从哲在众人攻击下，拟太子令旨，罚了可灼一年的奉禄。
十月，礼部尚书孙慎行和左都御史邹元标上了两道令人瞩目的奏疏，孙慎行指出：‘从哲纵无弑君之心，却有弑君之罪。欲辞弑之名，难免弑之实。’方从哲上奏辩解并请辞，于十一月初卸任离京。
方从哲离京后，还是无法脱净干系，要求严查红丸案的奏折不断。有一日，当今圣上收到了方从哲从老家寄来的奏疏，疏中说：自己年老愚昧，未能阻止庸官进药，罪不容诛。为表示谢罪，愿乞削去官阶，以耄耋之身远流边疆，以平朝臣之怨。果然，许多大臣为他开脱，天启帝亦被方从哲的诚恳打动，但苦于真相未明，一时难以决断。
这时，一直缄臣韩爌终于站出来说话了。他把当时目睹的一切事实都详细地说清楚了。特别是方从哲当时左右为难的情景，被描绘得十分具体。最后，韩爌提出，红丸一案纠缠了一年多，但真正置先皇于死地的崔文升和李可灼到现在也没有处置，这两人虽然乱用药物，但也确实是奉旨进药，可以适当惩处，红丸一案则不宜继续深究。
韩爌在万历年间就是个有名的老成之臣，居官十余年处事公正，很受群臣景仰，入阁后又一直陪伴方从哲料理进红丸之事，说出的话是可信的。所以他的奏折报上后，很快地使一场风波平息了下来。不久，皇上便下旨问崔、李二人罪。前年，朝廷将崔文升发遣南京，李可灼遣戍边疆。红丸一案由于各派的争斗总算草草了解，但其中的疑点并没有弄清楚。泰昌帝的死是否与红丸有关依然是一个谜团。
现如今，魏阉当权，他声称要为红丸案翻案。于是，声讨方从哲的礼部尚书孙慎行被开除了官籍，夺去所有官阶封号，定了流戍。抨击崔文升的东林党人也受了追罚，高攀龙投池而死。此案遗害无穷啊。”
“依义父所言，那此案的确是扑朔迷离、错综复杂了，竟不知这东林党人也为此事受到波及？”墨印痕感叹道。
“这东林党人，素来就喜欢党同伐异，一个个道貌岸然，实则都是心眼极小的伪君子，当年与我未央阁共侍太子争储之时，便多番排挤，气量如此之小，又岂能成大事，如今这东林党落得如此下场，本就他活该！”卓领英愤愤地说道。
“看来义父对这东林党人也是恨之入骨